石墨烯纳米孔测序的计算模拟
978-3-639-82523-7
3639825233
112
2016-05-27
54.90 €
chi
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快速的DNA 测序方法极大地推动了生物学和医学领域的研究和发现,其在基础生物学以及众多的应用领域如诊断、生物技术、法医生物学、生物系统学等中均有涉及。其中,固态纳米孔(solid state nanopore)测序被认为是下一代比较有潜力的快速测序方法,在众多的固态纳米孔中,石墨烯(graphene)片层由于其特有的力学性质以及物理性质而特别引人注目。DNA 经过纳米孔道或者管道的移位过程是一个集物理,化学,生物等学科于一身的课题,其非常重要却又异常复杂。利用分子动力学模拟研究DNA 分子在纳米孔道中的移位以及动力学过程已经展现出了强大的优势,成为了除实验手段外有力的研究工具。本书利用分子动力学(molecular dynamics,MD)先研究单层石墨烯片层的纳米孔道对DNA 分子测序的影响因素,这些影响因素包括纳米孔道的大小,溶液离子浓度,外界电场强度等等。在此基础上,研究了多层石墨烯片层的纳米孔道对DNA 分子测序的影响,主要研究了层数对于DNA 分子测序的影响。随后,用操控式分子动力学(steered molecular dynamics, SMD)模拟了将单链DNA (single strand DNA,ssDNA)从不同形状构型的石墨烯纳米孔道拉伸出去,研究不同碱基是否可以根据不同的力特征峰值来分辨。最后考察了是否可以用不同碱基在纳米孔中的移位时间不同而对DNA 测序。
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Fisicoquímica
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